石墨坩堝自身便是碳素材料，假如用于一些需求反響的化學物品會發生化學反響，構成新的化合物，這將影響實驗數據的準確性。此外，石墨坩堝用于多數氧化復原反響，相對于鋁制坩堝、陶瓷坩堝簡單紅化，產生氣體漏氣現象。

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